A terménybetakarítás és a terménytárolás egyik legfontosabb feladata a raktárak, magtárak, megtisztítása, tisztán tartása. Ehhez több dologra is figyelni kell. A magtárak legyenek jól szellőzöttek, száraz, szilárd aljzattal legyenek a kialakítva, mentes legyen résektől, valamint az üres raktárak, silók fertőtlenítése sem maradhat el, mielőtt feltöltjük őket terménnyel.
A terményraktározás jogszabály által előírt növényegészségügyi kötelezettségeket is ró a termelőkre. A magyar joganyag e tekintetben eltér az Európai Unió szabályozásától, mivel hazánkban a kártevők jelenléte nem csak a termény osztályba sorolását befolyásolja, hanem nálunk kötelező a védekezés a raktári kártevők ellen. A szigorú szabályozás célja egyértelmű, biztosítani kell a termények kártevőmentességét, illetve meggátolni ezen kártevők felszaporodását, terjedését.
Az egyik legfontosabb feladat, amit nem szabad elmulasztani, az a betakarítás előtti megelőző tisztítás, fertőtlenítés. Ilyenkor teljesen ki kell üríteni a raktárakat, el kell végezni a szükséges javításokat, és minden berendezést alaposan meg kell tisztítani.
Emellett a vegyszeres fertőtlenítésre is oda kell figyelni, különösen olyan helyeken, ahol az előző évben kártevők voltak jelen. Ehhez minden esetben szakember segítségét érdemes kérni, ugyanis a vegyszerekkel történő fertőtlenítéshez engedélyre és hozzáértésre van szükség. Nehezebb helyzetben van, aki az ökológiai gazdálkodás előírásai szerint kívánja a mentesítést elvégezni, mert ezeket az eljárásokat nem alkalmazhatja.